АРИСтин жогорку башкаруу органы болуп Байкоочу кеңеш эсептелет. Байкоочу кеңештин курамына Кыргыз Республикасынын мамлекеттик органдарынын өкүлдөрү, Кыргыз Республикасынын жергиликтүү өз алдынча башкаруу органдарынын өкүлдөрү, ошондой эле мыйзамдуу жана катталган өкмөттүк эмес уюмдар тарабынан көрсөтүлгөн жарандык коомдун өкүлдөрү кирет.

Байкоочу кеңеш төмөнкү мүчөлөрдөн турат:

1) Кыргыз Республикасынын (КР) мамлекеттик органдарынын жети өкүлү:

- Кыргыз Республикасынын Президентинин Администрациясынын же Кыргыз Республикасынын Президентинин Иш башкармасынын кызматкерлеринин ичинен Кыргыз Республикасынын Президенти тарабынан дайындалуучу Кыргыз Республикасынын Президентинин өкүлү;

- Кыргыз Республикасынын Министрлер Кабинетинин Төрагасы тарабынан Кыргыз Республикасынын Министрлер Кабинетинин мүчөлөрүнүн ичинен же Иш башкармасынын кызматкерлеринин ичинен дайындалуучу Кыргыз Республикасынын Министрлер Кабинетинин Төрагасынын өкүлү; Кыргыз Республикасынын Президентинин;

- Кыргыз Республикасынын Финансы министри (кызматы боюнча);

- Кыргыз Республикасынын Юстиция министри (кызматы боюнча);

- Кыргыз Республикасынын Билим берүү жана илим министри (кызматы боюнча);

- Кыргыз Республикасынын Саламаттык сактоо министри (кызматы боюнча);

- Кыргыз Республикасынын Президенти тарабынан дайындалуучу Кыргыз Республикасынын Президентинин Кыргыз Республикасынын облустарынын бириндеги ыйгарым укуктуу өкүлү;

2) жергиликтүү өз алдынча башкаруу органдарынын жети өкүлү:

- Кыргыз Республикасынын Айылдардын жана шаарлардын жергиликтүү өз алдынча башкаруу органдарынын ассоциациясынын төрагасы (кызматы боюнча);

- Кыргыз Республикасынын шаарларынын ассоциациясынын аткаруучу директору (кызматы боюнча);

- Кыргыз Республикасынын айылдарынын жана шаарларынын жергиликтүү өз алдынча башкаруу органдарынын ассоциациясы тарабынан Ассоциациянын жыйналышында шайлануучу айылдык жамааттардын жергиликтүү өз алдынча башкаруу органдарынан (айыл өкмөт башчыларынан) төрт өкүл;

- Ассоциациянын жыйналышында Кыргыз Республикасынын шаарларынын Ассоциациясы тарабынан шайланган шаардык жамааттардын жергиликтүү өз алдынча башкаруу органдарынан бир өкүл (мэр);

3) жарандык коомдун жети өкүлү:

- «Каунтерпарт-Шериктеш» коомдук бирикмесинин башкармалыгынын төрагасы (кызматы боюнча);

- талапкерлигин АРИСтин Аткаруучу директору сунуштаган жана Байкоочу кеңештин калган мүчөлөрүнүн жөнөкөй көпчүлүк добушу менен жактырылган, катталган кыргызстандык коммерциялык эмес уюмдардын алты өкүлү.