АРИСтин жогорку башкаруу органы болуп, Байкоочу кеңеш саналат. Байкоочу кенештин курамына Кыргыз Республикасынын (КР) мамлекеттик органдарынын, жергиликтүү өз алдынча башкаруу органдарынын жана жарандык коомдун өкүлдөрү - легитимдүү жана катталган өкмөттүк эмес уюмдардын өкүлдөрү кирет.
Байкоочу кеңеш төмөнкү мүчөлөрдөн турат:
КРнын мамлекеттик органдарынан 7 өкүл:
КРнын Президенти тарабынан КРнын Администрациясынын же КРнын Президентинин Иш башкаруу башкармалыгынын кызматкерлеринин ичинен дайындалган КРнын Президентинин өкүлү;
КРнын Министрлер Кабинетинин төрагасы тарабынан КРнын Министрлер Кабинетинин мүчөлөрү же КРнын Президентинин Администрациясынын кызматкерлеринин ичинен дайындалган КРнын Министрлер Кабинетинин өкүлү;
КРнын Финансы министри (кызматы боюнча);
КРнын Юстиция министри (кызматы боюнча);
КРнын Билим берүү жана илим министри (кызматы боюнча);
КРнын Саламаттыкты сактоо министри (кызматы боюнча);
КРнын Президенти тарабынан дайындалган КР облустарындагы КР Президентинин ыйгарым укуктуу өкүлү.
Жергиликтүү өз алдынча башкаруу органдарынан жети өкүл:
Айылдар жана кыштактардын жергиликтүү өз алдынча башкаруу органдарынын ассоциациясынын төрагасы (кызматы боюнча);
КРнын Шаарлар ассоциациясынын аткаруучу директору (кызматы боюнча);
Айылдар жана кыштактардын жергиликтүү өз алдынча башкаруу органдарынын ассоциациясы тарабынан, ассоциациянын отурумунда шайланган жергиликтүү өз алдынча башкаруу органдарынан 4 өкүл (айыл өкмөттөрүнүн башчылары);
КРнын Шаарлар ассоциациясы тарабынан ассоциациянын отурумунда шайланган жергиликтүү өз алдынча башкаруу органдарынан бир өкүл (мэр);
Жарандык коомдон жети өкүл:
«Каунтерпарт-Шериктеш» коомдук биркмесинин башкармалыгынын төрагасы (кызматы боюнча);
катталган кыргыз коммерциялык эмес уюмдарынан алты өкүл, алардын талапкерлигин АРИСтин аткаруучу директору сунуштайт жана Байкоочу кеңештин мүчөлөрүнүн жөнөкөй көпчүлүгү бекитет.